El Comité Internacional de los Juegos Mediterráneos es el órgano encargado de coordinar las diferentes ediciones y designar la ciudad encargada de organizar la siguiente. El órgano rector es el Comité Ejecutivo, donde actualmente están representados doce países y cuya presidencia ostenta Amar Addadi (Argelia). El Comité Internacional se reúne periódicamente en la ciudad encargada de organizar los siguientes Juegos para evaluar la marcha de los preparativos y tratar asuntos generales de la competición.

Además, el CIJM está compuesto por una serie de comisiones que se encargan de la organización general de las diferentes áreas de trabajo. La Comisión Técnica se ocupa de los asuntos deportivos y, junto a ella, se encuentran la Comisión Médica, la de Desarrollo y Cooperación, la de Estatutos y Reglamentos, la de Alojamiento y Protocolo y la de Medios de Comunicación. Estas comisiones también mantienen reuniones periódicas en las que se dan las líneas directrices que han de seguir los Juegos Mediterráneos en cada una de las áreas.