La estructura principal de los Juegos Mediterráneos Almería 2005 se compone, fundamentalmente, de tres comités.

El Comité Organizador tiene la potestad ejecutiva de los Juegos. Incluye representación de todas las instituciones y del Comité Olímpico Español y se encarga de supervisar el correcto funcionamiento de todos los elementos operativos de los Juegos, así como del cumplimiento del Plan Director. Es el órgano rector que da el visto bueno a las principales operaciones. Está presidido por el primer teniente de alcalde de Almería, Juan Megino López.

El Comité Permanente es el máximo órgano entre reuniones del Comité Organizador y también incluye representación de los estamentos que forman parte de éste.

Finalmente, el Comité Técnico se encarga de llevar a la práctica las instrucciones del Organizador y el Permanente.